元至元十三年 (1276) 改目则千户置，属临安路。治所在今云南个旧市东部，松树脚锡矿所在的山上。《元史·地理志》： “县境有山名目则，汉语讹为蒙自。” 彝语称该山为母祖白莫，“母”为天，“祖” 为高，“白莫” 为大山，意即顶天的大山。明属临安府，成化二十年 (1484) 迁治今云南蒙自县。民国初为云南蒙自道驻地。1929年直属云南省。

在云南省南部。红河哈尼族彝族自治州人民政府驻地。面积2228平方千米。人口32.4万。辖10镇、4乡(含2苗族乡)。县人民政府驻文澜镇。以境内目则山得名。彝语称目则山为“母祖白莫”，“母”为天，“祖”为高，“白莫”为大山，意即“顶天的大山”，后“目则”讹为蒙自。西汉置贲古县，治今县址东南，属益州郡。三国蜀汉、西晋属兴古郡。东晋属梁水郡。南朝齐改新丰县。唐南诏属通海都督。宋大理属秀山郡。蒙古宪宗七年(1257年)立目则千户，元至元十三年(1276年)置蒙自县，治今址，属临安路。明属临安府。南明永历二年(1648年)改蒙自县为乐新县。清复名蒙自县，属临安府，裁新安所，析县东南地入开化府。光绪十三年(1887年)辟为商埠，设蒙自关，属临开广道。1914年属蒙自道，为道尹驻地。1929年直属云南省。1950年属蒙自专区，为专员公署驻地。1957年属红河哈尼族彝族自治州，为州府驻地。1958年撤县并入个旧市，州府迁驻个旧市。1960年复蒙自县，属个旧市。1961年复属红河哈尼族彝族自治州。2003年自治州人民政府由个旧市迁本县。地处滇东南岩溶盆地区南缘。全境多为山区，北部有蒙自、草坝、雨过铺等坝子，南溪河、绿水河、岔冲河、犁江河流经境内，湖泊有长桥海、大屯海。主要属南亚热带湿润气候。农产稻、玉米、小麦、甘蔗、花生、烟叶、茶叶等。特产年糕、“过桥米线”、刀烟、白桃、甜石榴。工业有农机、化肥、橡胶、丝绸、火柴、印刷、制糖、制药、皮革等。昆河、蒙宝、草官铁路和昆河、蒙马公路通过县境。名胜古迹有曹士桂墓、蒙自租界址、碧色寨车站、南湖、缘狮洞、瀛洲亭等。纪念地有中共云南省第一次代表会议会址、蒙自烈士陵园。