元代掌管全国佛教事务和吐蕃军政的中央机构。世祖至元元年(1264)，始置总制院。二十五年，因唐制吐蕃(今西藏)来朝见于宣政殿，故改名宣政院。以帝师总领其事。下设院使(秩从一品)、同知、副使、佥院、同佥、院判、参议、经历等官。于所辖吐蕃地分置吐蕃等处宣慰使司都元帅府、吐蕃等路宣慰使司都元帅府、乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府。下设安抚司、招讨司、万户府等机构。院使以下重要官员均由帝师或宣政院举荐，朝廷任命，僧俗并用，军民通摄。遇吐蕃有大事，则置行宣政院办理，有重大军事行动，则与枢密院共同议处。各地方设僧录、僧正、都纲司，总隶于宣政院。武宗至大四年(1311)罢，凡僧人诉讼，悉归有司。文宗至顺二年(1331)，复于各地置广教总管府16所，以掌僧尼之政。顺帝元统二年(1334)又罢，置行宣政院于杭州，掌江浙僧政。至正二年(1342)，于江浙行宣政院设崇教所，以理僧民之事。
