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亦称“品系”。从任何一种微生物分离的单细胞经无性繁殖后的纯培养物。可以从自然界中纯种分离而来，也可以在实验室中通过诱变而来。同一菌株中个体间的遗传型最相近。同“种”不同菌株在产生代谢产物的种类或产量上可有很大差别。常在学名之后加上编号或字母，或编号和字母表示菌株的名称。
